Règles de la majorité décrivant le recensement microbien dans un abcès au moyen de méthodes moléculaires

utilisé pour détecter les microbes dans les abcès cérébraux Cependant, une limitation du séquençage direct est son manque de fiabilité dans la résolution phylogénétique des infections polymicrobiennes; les études basées sur la culture suggèrent que jusqu’à% des abcès cérébraux peuvent être d’origine polymicrobienne , ce qui est probablement une sous-estimation. La seconde approche, le séquençage de Sanger des banques de clones, est considérée comme la technique standard actuelle. Elle a été utilisée pour révéler une diversité jusque-là insoupçonnée dans diverses niches anatomiques en santé humaine et en pathologie et pour caractériser des pathogènes humains non cultivés . Cette approche a produit des types de séquences microbiennes non détectées par culture ou séquençage direct. Parmi les taxons récemment identifiés figuraient Mycoplasma faucium chez les sujets et autres phylotypes pour lesquels les auteurs n’ont pas trouvé de rapports antérieurs dans le cadre d’un abcès cérébral. La troisième approche, le pyroséquençage, exploite les plus récents, massivement parallèles technologie de séquençage capable de fournir des dizaines de milliers de “tags” de séquence Vingt courtes séquences de régions hypervariables pour le même coût et avec moins de temps et de travail que des centaines de séquences fournies par le séquençage traditionnel de Sanger Al Masalma et ses collègues ont appliqué l’analyse de pyroséquençage à des échantillons qui ont donné des taxons rapportent qu’aucun de ces taxons n’a été détecté auparavant dans les abcès cérébraux Cette découverte intrigante mérite qu’on s’y attarde, mais elle doit être interprétée avec prudence, parce que l’analyse py-ro-se-quenc-ing peut être particulièrement sujette à surestimer la diversité. Même une seule erreur de séquençage sur le score de similarité des balises de pyroséquençage à lecture courte était ~ bp dans cette étude. En outre, comme une balise de pyroséquençage est hypervariable sur toute sa longueur, l’analyse peut justifier un plus grand seuil de dissimilarité de séquence pour définir un phylotype unique. celle utilisée pour l’analyse des séquences d’ADNr S qui couvrent à la fois hypervariable et conser La tabulation des différents taxons microbiens associés à un état de santé ou une maladie donnée pourrait être assimilée au sondage des ménages dans une zone géographique pour dresser le profil des habitants de la région. Le pyroséquençage est particulièrement bien adapté au recensement communautaire en raison de sa capacité à suivre les minorités. Constituants de communautés microbiennes complexes Lorsqu’ils sont étudiés en profondeur, à savoir à la fois par pyroséquençage et analyse de banques de clones, les abcès semblent présenter une diversité bien plus riche que ce que l’on aurait pu penser sur la seule base des méthodes conventionnelles. révéler de nouvelles perspectives sur le microbiote commensal et associé à la maladie et détecter les pathogènes humains Les approches moléculaires – et l’étude d’Al Masalma et al à titre d’exemple – ont des limites Les découvertes moléculaires peuvent être faussées Biais d’amplification par PCR, dus en partie à des mésappariements entre amorces et séquences d’ADNr ciblées. Les résultats du seul patient dont l’échantillon a été analysé avec les deux approches de «séquençage multiple»: chacun utilisait une paire d’amorces différente, et chacun donnait des taxons uniques Une autre limitation du pyroséquençage est le pouvoir de résolution phylogénétique restreint des étiquettes de séquences relativement courtes générées ~ Bp dans cette étude et ~ bp avec la technologie actuelle; d’autre part, le pyroséquençage évite les biais inhérents au clonage Malgré ces limites et d’autres, l’application des statistiques écologiques aux découvertes d’Al Masalma et de ses collègues suggère qu’il y a beaucoup plus à attendre des enquêtes moléculaires sur les abcès. Les résultats d’Al Masalma et al soulèvent autant de questions que de réponses. Par exemple, on peut se demander «qui d’autre – en plus des bactéries – existe?» De nombreux abcès cérébraux polymicrobiens proviennent d’infections odontogènes, et nous savons maintenant que le domaine Archaea a été associé à la maladie parodontale et à l’infection endodontique Au-delà de la question, “Qui est là”, on peut aussi se demander: “Que font-ils exactement?” des questions fonctionnelles importantes pourraient être accomplies à travers des études soigneusement conçues qui collectent des métadonnées cliniques appropriées et incluent la protéomique , la métagénomique [,,], Les connaissances sur la physiologie et la pathogenèse de la communauté microbienne peuvent conduire à de nouvelles approches pour prédire, interrompre et prévenir la formation d’abcès Les microbes sont grégaires et interactifs par nature Nous, en tant que cliniciens, devrions accorder une plus grande attention à ce fait en considérant de nouvelles stratégies de caractérisation et de gestion des maladies infectieuses d’origine polymicrobienne possible

Remerciements

Conflits d’intérêts potentiels DAR et DBD: aucun conflit